5. Yogyakarta Raya
6. Solo Raya
7. Gresik, Bangkalan, Mojokerto, Surabaya, Sidoarjo, dan Lamongan
8. Makassar, Sungguminasa, Takalar, Maros
Sedangkan pengecualian pengoperasian kereta api perkotaan angkutan penumpang hanya berlaku di 4 wilayah, yakni:
-Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, Bekasi (termasuk Cikarang), dan Rangkas
-Padalarang, Bandung, dan Cicalengka
-Kutoaarjo, Yogyakarta, dan Solo
-Lamongan, Surabaya, Sidoarjo, Bangil, Pasuruan, Mojokerto, dan Gresik.
Sanksi