Didorong oleh pertumbuhan pesat ekonomi Vietnam, Nguyen merambah bisnis Vietnam dan mendiversifikasi kerajaan bisnisnya ke berbagai industri termasuk pusat perbelanjaan kelas atas dan toko bebas bea yang mengkhususkan diri pada merek-merek mewah seperti Chanel, Dior, Burberry, Louis Vuitton, Armani dan Rolex, serta waralaba makanan seperti Burger King dan Domino's Pizza.
Selain usaha bisnis, Johnathan juga dikenal karena hubungannya dengan wanita terkemuka.
Istri pertamanya adalah Cristina Serrano, yang berasal dari keluarga elite Filipina; Cristina adalah keponakan Imelda Marcos, mantan Ibu Negara Filipina.
Louis Nguyen, putra kedua mereka, menjadi selebriti di Vietnam setelah menikahi Tang Thanh Ha, bintang film terkemuka dalam drama televisi Vietnam dan film-film blockbuster.
Dengan ketenarannya, Tang Thanh Ha sangat populer di masyarakat dan terpilih sebagai duta merek untuk Audi dan Toshiba.
Sejak menikah, Tang Thanh Ha fokus pada bisnis keluarga dalam bidang fashion dan F&B, sementara suaminya membantu menjalankan perusahaan keluarganya.
Istri kedua Johnathan Hanh Nguyen adalah Le Hong Thuy Tien, mantan pramugari dan aktris.
Dia mengatakan bahwa selama masa pacaran, Nguyen membuat Thuy Tien terkesan dengan hadiah mewah.
Thuy Tien adalah Presiden IPPG, dan berkat karirnya yang berkembang dipandang sebagai salah satu wanita paling berpengaruh di Vietnam.