Adapun penyebab gigi natal sebenarnya belum diketahui, namun beberapa kondisi medis yang perlu diperhatikan di antaranya adalah:
- Sotos, kelainan genetika yang menyebabkan pertumbuhan fisik anak lebih cepat dari usianya
- Hallerman-Streiff, kelainan bawaan yang mempengaruhi pertumbuhan gigi, rambut, dan tengkorak
- Pierre Robin, kelainan pada bayi baru lahir dengan kondisi rahan bawah lebih kecil daripada bentuk normal
- Ellis-van Creveld, kelainan yang ditandai dengan tulang rusuk pendek, kaki pendek, displastik rambut dan kuku, serta cacat jantung kongenital.
Selain itu, ada faktor risiko yang mempengaruhi gigi natal seperti yang dikutip dari Nakita.id dan Kompas.com, yaitu:
- Keturunan keluarga, yang artinya bayi punya risiko lebih tinggi memiliki gigi natal apabila ada keluarga yang pernah mengalami kondisi serupa
- Jenis kelamin, di mana kondisi gigi natal ini lebih sering dialami bayi perempuan daripada bayi laki-laki
- Malnutrisi atau kekurangan nutrisi selama kehamilan yang dapat menjadi faktor risiko lain